喀什地区住房公积金管理中心为直属喀什地区行政公署、参照公务员法管理的事业单位。中心按照“管委会决策、中心运作、专户存储、财政监督”的原则，实行“统一政策、统一制度、统一管理、统一核算”。中心内设办公室、稽查科、核算科、个贷科、归集科、网络信息科6个科室，下设市区管理部、疏附县管理部、疏勒县管理部、英吉沙县管理部、莎车县管理部、泽普县管理部、叶城县管理部、麦盖提县管理部、岳普湖县管理部、巴楚县管理部、塔什库尔干县管理部等12个县（市）管理部，核定编制75名，实有在编干部职工72名，聘用职工18名，共90人，负责全地区住房公积金的归集、管理、使用和会计核算工作。