阿勒泰地区住房公积金管理中心成立于2003年3月，是行署直属的副县级自收自支事业单位。负责对阿勒泰地区行政区域内各级行政机关、企事业单位及各行业的单位和个人缴存的住房公积金进行管理的公众资金经营管理机构。

中心主要职责：一是负责编制、执行住房公积金的归集、使用计划；二是负责住房公积金的缴存、提取、使用、核算、保值和归还；三是负责住房公积金的核算；四是审批住房公积金的提取、使用；五是编制住房公积金归集、使用计划执行情况的报告；六是负责住房公积金的保值和归还；七是承办住房公积金管理委员会决定的其他事项等。

目前，管理中心内设办公室、资金核算科、归集管理科、贷款管理科、稽查科、信息技术科6个职能科室，有8个驻市县(镇)管理部，中心与各市县(镇)管理部实行“统一决策、统一管理、统一制度、统一核算”的工作制度。

中心自成立以来，在落实国家和自治区住房公积金政策，加快建立和规范公积金制度，改善干部职工住房条件，服务地区经济发展、和谐社会建设等方面发挥了重要作用。地区住房公积金事业实现了快速健康发展，截止到2022年末，累计归集住房公积金133.33亿元，累计发放个人住房公积金贷款89.52亿元。中心先后荣获“自治区级文明单位”“自治区级文明示范窗口单位”“自治区级卫生红旗单位”“地区级文明单位”“地区级民族团结模范进步单位”“花园式单位”等自治区、地、市十多项荣誉称号。