克州住房公积金管理中心成立于2003年9月（克机编办字〔2003〕40号），州编委核定单位性质为自治州人民政府直属事业单位，由自治州财政局管理（三县一市公积金管理部由所属县市财政局代为管理），机构规格相当于副县级，核定事业编制15名，中心领导职数2名，下设综合业务科和阿克陶、乌恰、阿合奇县三个业务经办网点，相当于科级，领导职数4名。2005年，核定中心领导职数为3名。2009年机构调整为直属克州人民政府管理的独立事业单位。2013年，编委核定事业编制增加到20名，增设了办公室、信贷科、稽核科，新增科室领导职数3名。2016年，在现有7个内设科室中，整合设置阿图什市管理部，增加事业编制3名。调整后，克州住房公积金管理中心核定事业编制23名，设8个内设机构，即：阿图市管理部、阿克陶县管理部、乌恰县管理部、阿合奇县管理部、办公室、信贷科、稽核科、综合科，科室领导职数8名。

目前，中心编制23名，实有在编职工21名，其中州直中心12名，阿图什市2名,阿克陶县2名，乌恰县2名，阿合奇县3名。

聘用职工共12名，其中州直中心4名（含司机1名）,阿图什市3名，阿克陶县3名，乌恰县2名，阿合奇县1名。

近年来，克州住房公积金管理中心在自治区住房公积金监管处的监督指导下，认真执行住房公积金管理委员会的决策，围绕克州住房保障工作大局和群众需求，以突出民生改善、服务提质和资金安全为重点，切实提高公积金使用率，进一步提升住房公积金管理系统信息化水平，优化办事流程，提高服务效能，不断强化民生保障作用，住房房公积金在支撑克州住房消费、拉动地方经济发展、改善职工住房条件方面发挥了重要作用。

2017年末全区14个地州要全部完成“双贯标”验收（是指国家住房和城乡建设部对于住房公积金管理中心关于落实《关于贯彻住房公积金基础数据标准》、《住房公积金银行结算数据应用系统与公积金中心接口标准》这两项标准的贯彻落实情况的检查和验收），目前，克州步有序推进“双贯标”验收前的准备工作，2017年12月28日已正式测试上线。克州通过“互联网+住房公积金”信息化建设，贯彻落实“双贯标”，借助住建部银行数据采集结算平台的后台支撑，运用高科技手段，实现资金管理“三统一”（统一银行账户管理、统一资金调拨、统一资金核算）、业务办理“六实时”（汇缴实时分解、提取实时入卡、贷款实时发放、资金实时调拨、账户实时监控、业务实时结账），进一步提升了科学管理水平，真正实现了“让信息多跑路，群众少跑腿”的目标。