巴州住房公积金管理中心2003年6月设立（由八县一市住房公积金管理中心合并成立），为州人民政府直属的自收自支事业单位，副县级建制。2006年5月升格正县级单位，管理部为正科级。核定县级领导4名、编制65名，内设5个职能科室（办公室、综合业务科、审计法规科、信息技术科、计划财务科）、11个管理部（库尔勒管理部、南市区管理部、塔里木油田管理部、焉耆管理部、博湖管理部、和静管理部、和硕管理部、轮台管理部、尉犁管理部、且末管理部、若羌管理部），目前在编人员57人，聘用人员43人。中心在巴州住房公积金管理委员会直接领导下对巴州住房公积金进行统一管理和运作。